Beyşehir Gölü su kuşları için çok önemli bir üreme ve konaklama yeridir. Göl çevresindeki sazlık ve sığ alanlar bu kuşların beslenmesi ve üremesi için çok elverişli ortanlar sunar. Ayrıca balık avlama yasağının kuluçka dönemine denk gelmesiyle gölde insanların faaliyetleri durur adalar ıssızlaşır. Bu sakin ortamda kuşlar çok güvenli bir biçimde yuva yapar ve yavrularını büyütür. Beyşehir Gölü’nde bulunan küçük adalar ve kayalıklar yırtıcı hayvanları barındırmadığından çok güvenli üreme alanlarıdır. Her yıl düzenli olarak yapılan Kış Ortası Su Kuşu Sayımı verilerine göre Beyşehir Gölü Kızılırmak Deltası’ndan sonra ülkemizde en fazla su kuşu barındıran sulak alandır. Bu özelliğiyle de Önemli Kuş Alanı (ÖKA) olarak ilan edilmiştir.
Beyşehir Gölü’nde bulunan kuşları görebilmek için çok uzaklara gitmeye de gerek yoktur, şehir merkezinden göl kıyısına indiğiniz andan itibaren sakar mekelerin, bahrilerin, batağanların yuvalarını veya yavrularını görebilirsiniz. Aynı noktalardan sabah erken saatlerde yeşilbaş ördekleri, karabaş martıları, van gölü martılarını, gümüş martıları, saz delicelerini çok rahatlıkla izleyebilirsiniz. Üreme dönemlerinde Beyşehir’e gelen leylekleri hemen kıyıda beslenirken görebilirsiniz. Beyşehir ilçe merkezinde 20 ye yakın leylek yuvası bulunmaktadır. Bu leylekler Şubat ayının sonunda gelip ekim ayının ilk haftasına kadar burada kalırlar ve yavrularını büyütürler. İlçeye 30 km uzaklıkta bulunan Yeşildağ ve Adaköy beldelerinde 80 den fazla leylek yuvası bulunmaktadır ki bu sayı ülkemizdeki bir arada bulunan leylek kolonilerinin en büyüğüdür.
Önemli bir göç güzergahı ve sulak alan olması sebebiyle Beyşehir Gölü’ne sonbahar aylarında 400-500 erli gruplar halinde pelikanlar gelir. Bu pelikanları şehir merkezinden de gözlemleyebilirsiniz. Burada 1-2 gün konaklayan pelikanlar yollarına devam ederler. 1960 lı yıllarda burada ürediklerine dair kayıtlar olmasına rağmen günümüzde burada ürememektedirler.
Kış aylarının önemli bir ziyaretçisi de karabataklardır. Göldeki gümüş balığı popülâsyonunun artması sonucu bu kuşların buradaki sayıları ve kalış süreleri de artmıştır.
Gölün batı ve kuzey kıyılarındaki düzlüklerde önemli miktarda angıt kuşu üremektedir. Halk tarafından kutsal sayılan bu kuşların avı yapılmadığından sayıları hızla artmaktadır.
Kız Kalesi Adası’nda bulunan harabeler özellikle martılar ve kışın da karabataklar için bir konaklama yeri durumundadır. Üreme döneminde burası tam anlamıyla bir kuş cenneti hüviyetine bürünür. Bu adada üreme döneminde herhangi bir kuş yuvasına basmadan ilerlemek neredeyse imkansız gibidir.
Beyşehir Gölü’nde konaklayan veya üreyen diğer kuşlar ise Gri Balıkçıl, Büyük ve Küçük Ak Balıkçıl, Fiyu, Elmabaş pakta, Macar Ördeği, Gece Balıkçılı, Yalı Çapkını, Kum Kuşu, Kız Kuşu, Balaban, Küçük Batağan, Kara Leylek, Kaşık Gaga, Çeltikçi, Kuğu türleri, Sakarca, Suna, Boz Ördek, Çamurcun Çıkrıkçın, Su Çulluğu, Çamurcun, Taşçeviren, Büyük Karabaş Martı ve Sumru gibi kuşlardır.
Beyşehir Gölü’nün doğusunda yer alan kayalık alanlarda da Küçük Akbaba üremektedir.
Adalarda ve gölün batı kıyısında bulunan ardıç ormanlarında bu ağaçların çoğalmasında kilit rol oynayan Ardıç Kuşları bolca bulunmaktadır.